阿斯加德古菌

树中仅显示阿斯加德古菌谱系。

该树证实了十个类水平的阿斯加德古菌谱系的存在（图1）。

据推断，Lokiactin可能作为阿斯加德古菌细胞的支架，并在维持细胞形态、细胞分裂和分子运输中发挥作用，类似于真核细胞中的肌动蛋白丝[10,11]。

然而，该研究仅使用了六个阿斯加德古菌基因组，未能代表目前扩展的阿斯加德古菌的多样性。

在这里，我们展示了223个新的阿斯加德古菌基因组，包括鉴定出的16个额外的目、科或属水平的谱系，这些谱系是从中国沿海湿地的14个位点生成的宏基因组样本中获得的，这显著扩展了阿斯加德古菌的多样性。

阿斯加德古菌多样性的扩展

与Liu等人的研究[5]相比，我们的结果更可靠，因为它们是通过使用扩展的阿斯加德古菌基因组采样，结合排除外类群、去除快速进化位点以及应用复杂的位点异质进化模型和多个标记集得到的。

基于一组包括扩展的阿斯加德古菌基因组采样的579个古菌代表，在复杂的进化模型（LG+C60+F+G+PMSF）下对这些标记集进行系统发育基因组分析。

我们扩展的阿斯加德古菌基因组有助于解决真核生物在古菌中的位置问题。

接下来，我们基于ALE报告的节点中基因的存在概率（补充表6）以及阿斯加德古菌基因组中的基因频率（补充表7），重建了阿斯加德古菌关键祖先的代谢特征。

第一个标记集由97个标记（S97）组成，这些标记在每个阿斯加德进化枝的至少60%的代表中被发现，而第二个标记集包括150个标记（S150），这些标记在至少80%的阿斯加德古菌基因组中被鉴定出来（补充表4）。

通过使用dRep[14]在物种水平上选择代表（平均核苷酸同一性（ANI）至少为95%），我们最终获得了一组411个阿斯加德古菌基因组，其中136个来自本研究（补充表2）。

通过利用复杂的系统发育基因组方法（包括对序列比对进行重新编码、在最大似然法（ML）和贝叶斯推断中使用复杂的位点异质进化模型以及减少速率异质性）分析扩展的阿斯加德古菌基因组采样，我们有力地将真核生物置于阿斯加德古菌中，作为海姆达尔古菌的姐妹分支。

阿斯加德古菌基因组多样性的增加有助于解决真核生物与阿斯加德古菌之间的进化关系[4,5,7]。

一个簇中的contigs被置于Korarchaeota的姐妹谱系，而另一个簇中的contigs在阿斯加德古菌内与阿斯加德古菌分支（扩展数据图3）。

图3：几组串联标记蛋白的系统发育基因组分析，显示真核生物相对于基因组采样的阿斯加德古菌的位置

结果表明，先前报道的真核生物与阿斯加德古菌之间的关系[4]可能是人为造成的。

这可能是由于尼奥德古菌目基因组中的阿斯加德古菌序列与真核生物序列之间的高组成相似性造成的。

阿斯加德古菌基因组多样性的增加有助于解决真核生物与阿斯加德古菌之间的进化关系[4,5,7]。