系统发育

鉴于大量数据的串联可能会增强非系统发育信号，并导致具有高支持度的人为系统发育树，接下来我们通过去除突变饱和或速率偏差位点，评估数据排除对系统发育推断的影响[24,25,26,27]。

我们在属水平或更高水平上鉴定出16个新的谱系，这极大地扩展了已知的阿斯加德古菌的系统发育多样性。

其六项目标是增强类群内系统发育多样性、构建保护生物学与木本植物基因组学特色、优先获取地理间断分布类群以及重塑园艺领导地位，引入弱耐寒物种等。

活植物收藏咨询委员会与核心团队进一步提出六大战略目标，涵盖系统发育多样性、濒危物种保护、园艺创新等维度，确保收藏的全球引领性。

阿诺德树木园将引入新的分类群，显著扩展特定谱系（进化谱系）的系统发育多样性。

（1）增强类群内的“系统发育广度”阿诺德树木园将引入新的分类群，显著扩展特定谱系（进化谱系）的系统发育多样性。

相比之下，基于大量古菌基因组数据的系统发育基因组分析可以弥补这些不足[12]。

通过对这个扩展的基因组数据集进行复杂的系统发育基因组分析（涉及多个标记集），我们推断真核生物在所有采样的海姆达尔古菌多样化之前就已经进化，而非与海姆达尔古菌中的霍达古菌目分支在一起。

ar53）的系统发育基因组分析。

图3：几组串联标记蛋白的系统发育基因组分析，显示真核生物相对于基因组采样的阿斯加德古菌的位置

在复杂的进化模型下对S67数据集进行的系统发育基因组分析证实，尼奥德古菌目是Korarchaeota的姐妹谱系，并且以高支持度（自展值至少为95）解析了阿斯加德古菌的所有节点（扩展数据图1）。

在系统发育基因组分析中，标记蛋白在不同古菌门或进化枝中的均匀分布对于阐明古菌进化枝之间的系统发育关系至关重要。

基于一组包括扩展的阿斯加德古菌基因组采样的579个古菌代表，在复杂的进化模型（LG+C60+F+G+PMSF）下对这些标记集进行系统发育基因组分析。

总之，我们使用复杂的系统发育基因组方法，并结合对阿斯加德古菌的显著扩展采样，重新评估了阿斯加德古菌、尼奥德古菌目和真核生物之间的关系。

我们使用扩展的阿斯加德古菌和真核生物对NM57数据集重新进行了系统发育基因组分析。

通过利用复杂的系统发育基因组方法（包括对序列比对进行重新编码、在最大似然法（ML）和贝叶斯推断中使用复杂的位点异质进化模型以及减少速率异质性）分析扩展的阿斯加德古菌基因组采样，我们有力地将真核生物置于阿斯加德古菌中，作为海姆达尔古菌的姐妹分支。

鉴于在先前的系统发育基因组分析中，尼奥德古菌目经常与真核生物分支在一起[4,18]，确定不同树中尼奥德古菌目在古菌中拓扑结构冲突的潜在因素至关重要。

先前的一项研究表明，真核生物嵌套在海姆达尔古菌中[4]，但其在阿斯加德古菌中的准确系统发育位置仍然存在争议[4,5]。

尽管在阿斯加德古菌的纯培养或富集物中已经鉴定出一些类似真核生物的特征，但由于菌株数量有限，推断早期真核生物祖先的确切系统发育位置、时间尺度和代谢特征仍然具有挑战性。

为了解决这些进化枝的系统发育位置问题，我们基于基因组分类数据库（GTDB）中一组53个古菌特异性标记蛋白（GTDB.

这些奇特的组装基因组会显著影响真核生物在古菌中的系统发育位置。

其六项目标是增强类群内系统发育多样性、构建保护生物学与木本植物基因组学特色、优先获取地理间断分布类群以及重塑园艺领导地位，引入弱耐寒物种等。

活植物收藏咨询委员会与核心团队进一步提出六大战略目标，涵盖系统发育多样性、濒危物种保护、园艺创新等维度，确保收藏的全球引领性。

（4）卓越收藏构建的评估体系与需求清单：评估体系基于四大维度，系统发育广度方面确保关键科属涵盖主要进化谱系，保护价值方面将优先收录51个受威胁物种（NatureServeG1-G3等级），遗传多样性注重每个物种3个以上野生谱系代表，档案完整性将完善种质来源、基因组数据等文档记录。

这六项目标反映了系统发育知识、有机生物学、保护生物学、基因组学以及园艺领导力对于阿诺德植物园未来发展的重要性。