真核生物

鉴于在先前的系统发育基因组分析中，尼奥德古菌目经常与真核生物分支在一起[4,18]，确定不同树中尼奥德古菌目在古菌中拓扑结构冲突的潜在因素至关重要。

真核生物位置的这种差异可能是由于之前未被充分认识的尼奥德古菌目基因组的嵌合性质，我们发现其由阿斯加德古菌和TACK古菌（阿斯加德古菌的姐妹门类）的序列组成。

为了减轻远缘外类群对真核生物位置的影响，我们从ES67数据集中去除DPANN、广古菌、Korarchaeota和尼奥德古菌目序列，同时保留50个TACK古菌代表作为外类群；

基于tES67和AsES67数据集，我们通过逐步去除两个数据集的快速进化位点，检查了速率异质性对真核生物位置的影响。

结果表明，先前报道的真核生物与阿斯加德古菌之间的关系[4]可能是人为造成的。

这可能是由于尼奥德古菌目基因组中的阿斯加德古菌序列与真核生物序列之间的高组成相似性造成的。