科学网—从预印到发表：生物学领域转化周期最短？|学科脉动（五）-MDPI开放科学的博文
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2025-7-20 08:58
| 个人分类: 预印本专栏 | 系统分类: 科研笔记
继工程学和物理学之后，本期“学科脉动”将继续带领大家探索生物学领域预印本的动态图景，帮助科研工作者与关注学术前沿的读者把握生命科学领域预印本的发展脉络。
欢迎浏览Preprints.org官网了解更多有关平台和预印本的信息：
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01 生物学预印本发文及引用情况一览
根据Dimensions数据库的统计，截至2025年6月23日，生物学以 43.6万篇 预印本的累计发文量在各学科之中 位居 第六 。其中， 生物化学与细胞生物学 这一子学科的预印本发文量最高，几乎占到该领域发文总量的1/4，反映了对快速分享科研成果的迫切需求；生物与计算机科学的交叉学科“ 生物信息学与计算生物学 ”的发文量也在各子学科中居于前列，显示出跨学科研究的蓬勃活力和预印本对融合学科知识传播与创新迭代的高度契合。
值得注意的是，尽管生物学发文量并未拔得头筹，但其 引用量却遥遥领先 ，一定程度上反映出生物学领域预印本成果 较高的学术影响力和知识传播效率 。
图1：预印本发表量Top6学科的发文及引用情况（数据来源：Dimensions）
图2：生物学子领域预印本发文情况（数据来源：Dimensions）
从发展历程来看，生物学预印本的发展并非一帆风顺：
（1）第一次预印本尝试
早在20世纪60年代，美国国立卫生研究院（NIH）启动了一项名为 “信息交换小组”（IEGs）的实验，开始流通生物学预印本。至1965年底，该系统最终吸引了超过3600名参与者，生成了 2500多份不同的文献，但到1967年，由于期刊拒绝接受曾以预印本形式流通的文章，该项目被关停[1,2]。这标志着生物学界第一次预印本尝试以失败告终。
（2）第二次预印本尝试
1999年，NIH院长哈罗德·瓦穆斯受arXiv启发提出e-Biomed计划。尽管获得科学家广泛支持，却遭遇出版商强烈抵制，四个月内该计划即告流产。虽然夭折，但该计划推动了PubMed Central和后续PLOS等开放获取平台的发展[1]。
（3）第三次预印本尝试
时间来到2013年，PeerJ预印本与bioRxiv的诞生标志着生物学界开启第三次预印本尝试。与前两次遭遇重大阻力不同，在 科研效率需求、平台与期刊利益解耦（专注传播而非认证）、开放获取浪潮 的推动等多重因素的共同作用下，此次尝试终于获得了学术界广泛认可[1]。此后，生物学预印本平台迅速发展，逐渐成为科研交流体系中不可或缺的重要组成部分。
Dimensions数据显示，从2013年至2020年，生物学预印本发文量年均增长率高达58.4%，呈现指数级增长，引用量年均增长率达78.6%，超过发文量增速。这与平台建设完善、学术会议支持[3,4]和新冠疫情催化作用等多重因素的推动作用有关。另有研究发现，在2015-2020年，生物学每年预印本数量/所有论文数量呈上升趋势[5]。这些指标共同反映出 生物学预印本在学术交流体系中的地位发生重大变化 。2021年后，发文量相对稳定，但引用影响力指标持续提升，2024年单篇预印本的平均引用达到2.45次的历史新高。整体呈现出"量稳质升"的发展态势。
图3：2013年及之后生物学预印本年度发文量及引用量趋势（数据来源：Dimensions）
图4：各学科每年预印本数量/所有论文数量的趋势（注：CS为Computer Sciences的缩写，下同）[5]
除发表和引用规模上的变化，生物学预印本在成果 传播的时效性 层面表现突出。在预印本首次在线发布日期与期刊/会议正式发表的时间间隔上，生物学较其他学科最短，为231天[5]。这意味着，生物学领域的科研成果能 以更快的速度从初步展示迈向正式学术认证 ，凸显了预印本模式在加速生物学知识迭代与学术交流效率上的独特优势。而且生物学领域的预印本最终发表到期刊的比例达到48%，超过各学科的平均水平41%。需要提醒的是，该调查的数据统计截止于2020年，近几年来，不同学科的论文发表所需天数和发表率或有变动。
图5：各学科预印本首次在线发布日期与期刊/会议正式发表日期之间的时间间隔[5]
图6：各学科的预印本发表率[5]
02 生物预印本平台的现状观察
生物学领域的预印本平台分布呈现分散化态势，这一现象与物理学领域不同。
推荐阅读： 发文量持续领跑！预印本成为物理学者的常态化选择？| 学科脉动（三）
2013年，美国冷泉港实验室推出了专注于生物学领域的预印本平台bioRxiv。数据显示，就生物学预印本发文总量而言，该平台目前处于领先地位。这种分布格局可能与其成立时间较早、长期专注于特定学科领域等因素密切相关。
需特别指出的是，除bioRxiv外，生物学预印本还广泛分布于Research Square、arXiv、Preprints.org等众多平台，这些平台共同构成了生物学预印本发表的重要阵地，与bioRxiv呈分庭抗礼之势。早在2017年，学术界就关注到生命科学预印本平台分散化的问题——ASAPbio联合NIH、Wellcome Trust等机构发起倡议，呼吁建立 "一站式"预印本中心 。该中心旨在整合整合资源，推动预印本成为职业发展证明（如优先权认定），并通过开放获取许可简化文献数据挖掘[4]。
图7：生物学预印本发文平台分布情况（数据来源：Dimensions）
值得关注的是，Research Square和SSRN的生物学预印本发文量经历了剧烈波动。作为Springer Nature旗下预印本平台，Research Square凭借母公司在生命科学领域的深厚积累，其生物学预印本发文量曾实现快速增长。对于后续出现的数量下滑，Springer Nature官方解释为"筛选能力暂时不足"导致的投稿积压[6]。
SSRN平台的生物学预印本发文量在2022-2023年间同样经历了先激增后骤降的剧烈变化。“激增”源于其所属集团Elsevier内部的出版策略调整，即鼓励生物科学领域的出版物转向SSRN平台提交。而对于其在2023年的“猛降”，官方并未对做出明确解释，因此其具体原因尚无法完全确定。鉴于其他预印本服务器未出现明显异常，这种波动非生物学科整体趋势的反映。
从整体格局来看，不仅bioRxiv的发文量稳步增长，以Preprints.org为代表其他预印本平台在生物学领域发文量也呈增长趋势。这一现象表明 生物学领域的学术成果传播渠道正朝着多元化方向发展 ，为研究者根据自身需求选择适配的成果展示平台提供了更广阔的空间。
图8：bioRxiv生物学年度发文量趋势（数据来源：Dimensions）
图9：多科学预印本平台生物学年度发文情况（数据来源：Dimensions）
此外， 生物学研究的复杂性也促使着预印本平台功能的扩展 。例如，作为一个致力于推动生物学领域开放科学和预印本交流的非营利组织，ASAPbio在其实践过程中，推荐和支持交互式计算文档工具Jupyter Notebook，用于增强生物学研究的透明性、可重复性和协作性[7]。ASAPbio还与欧洲分子生物学组织（EMBO）联合创立了Review Commons，为预印本提供独立于期刊偏好的评审服务，作者在部分生物学平台发布预印本后，可选择提交至Review Commons，获取期刊级的评审意见[8]。
在Preprints.org，生物学已经成为发文量 第一大学科 ，并细分为生物化学与分子生物学、生物物理学、解剖与生理学等23个细分领，这一学科布局既体现了平台 对生命科学领域的深度覆盖 ，也彰显了多学科交叉融合的学术趋势。这种精细化的学科分类不仅帮助提高研究成果的可发现性，也为跨领域研究者搭建了精准对接的知识桥梁，使不同背景的科研人员能够更高效地获取相关领域的最新进展，从而促进创新思想的碰撞与融合。
图10：Preprints.org各学科发文量占比情况（数据截至2025年6月24日）
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>>下期推文预告：
在本期“学科脉动”中，我们探讨了生物学科预印本的发展现状。为带领大家进一步了解这一领域的动态，下一期我们将继续探索生物学界对预印本的态度和观点，敬请期待！如果您有任何关于生物学预印本的看法，也欢迎您在评论区与我们交流~
参考文献：
[1] Cobb, M. The Prehistory of Biology Preprints: A Forgotten Experiment from the 1960s. PLoS Biology 2017, 15, e2003995. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.2003995
[2] Advancing Physics. Preprints Make Inroads Outside of Physics. Available online: https://www.aps.org/archives/publications/apsnews/201909/preprints.cfm (accessed on 19 May 2025)
[3] Berg, J.M.; Bhalla, N.; Bourne, P.E.; Chalfie, M.; Drubin, D.G.; Fraser, J.S.; Greider, C.W.; Hendricks, M.; Jones, C.; Kiley, R.; et al. Preprints for the Life Sciences. Science 2016, 352, 899–901. https://doi.org/10.1126/science.aaf9133
[4] Callaway, E. Heavyweight Funders Back Central Site for Life-Sciences Preprints. Nature 2017, 542, 283–284. https://doi.org/10.1038/nature.2017.21466
[5] Xie, B.; Shen, Z.; Wang, K. Is preprint the future of science? A thirty year journey of online preprint services. ArXiv 2021. https://doi.org/10.48550/arXiv.2102.09066
[6] ASAPbio. Recent Drop in Life Science Preprint Posting Due to Capacity Problems at Research Square. Available online:https://asapbio.org/recent-drop-in-life-science-preprint-posting-due-to-capacity-problems-at-research-square/ (accessed on 25 June 2025)
[7] ASAPbio. Encouraging preprint review: make it easier to create reviews, make it easier to incorporate reviews. Available online:https://asapbio.org/encouraging-preprint-review-make-it-easier-to-create-reviews-make-it-easier-to-incorporate-reviews/ (accessed on 24 June 2025)
[8] Review Commons | Homepage. Available online:https://www.reviewcommons.org/ (accessed on 24 June 2025)
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